肛门疼痛可能由多种原因引起，以下是一些常见的原因：
1.肛裂：肛管皮肤全层纵行裂开并形成感染性溃疡，多由便秘引起，典型症状为肛门疼痛、便血和便秘。
2.外痔：肛缘皮肤皱襞突起，如水泡样，颜色青紫，大便时可变大，一般无明显症状，发生血栓及炎症时可有肿胀、疼痛。
3.内痔：肛垫的支持结构、静脉丛及动静脉吻合支发生病理性改变或移位，内痔一般无疼痛，可有便血、内痔脱出等症状。
4.肛周脓肿：肛管、直肠周围软组织内或其周围间隙内发生急性化脓性感染，并形成脓肿，多由肛腺感染经外括约肌皮下部向外或直接向外扩散而成，脓肿形成时可有剧烈的疼痛。
5.肛管直肠恶性肿瘤：肛管直肠癌破溃感染，或肛管皮肤擦伤、直肠炎等均可导致肛门疼痛。
6.肛门异物损伤：多为外伤异物残留或饮食不当，鱼刺、骨片嵌插肛管直肠所致，故需请医生仔细检查，取出异物，疼痛即能缓解。
7.感染：肠道感染、会阴部手术、局部注射、骶尾骨骨髓炎等，均可引起肛门直肠周围脓肿，而导致疼痛。
8.肛管直肠神经官能症：阴部神经症候群、直肠炎症等均可引起肛门疼痛，临床上常需注意，加以鉴别。
如果出现肛门疼痛，建议及时就医，明确诊断后进行相应的治疗。