金匮肾气丸和右归丸的主要区别在于药物组成、功效、主治病症等方面。金匮肾气丸由地黄、山药、山茱萸、泽泻、茯苓、丹皮、桂枝、附子等中药组成，具有温补肾阳、化气行水的功效，主要用于治疗肾阳不足、腰膝酸软、小便不利、畏寒肢冷等病症。右归丸则由熟地、附子、肉桂、山药、山茱萸、菟丝子、鹿角胶、枸杞子、当归、杜仲等中药组成，具有温补肾阳、填精益髓的功效，主要用于治疗肾阳不足、命门火衰、腰膝酸冷、精神不振、怯寒畏冷、阳痿遗精、大便溏薄、尿频而清等病症。
总的来说，金匮肾气丸偏于补阴，适用于肾阳虚而兼有脾虚湿盛的病症；右归丸偏于补阳，适用于肾阳不足、命门火衰的病症。但具体用药需在医生的指导下进行，避免自行用药。