肩膀两侧长痘痘的原因和治疗方法如下：
1.原因：
痤疮丙酸杆菌感染：痤疮丙酸杆菌分解皮脂腺分泌的游离脂肪酸，产生的炎症因子会导致痘痘的形成。
内分泌失调：肩膀两侧的皮脂腺分布较多，油脂分泌旺盛，当内分泌失调时，会导致皮脂分泌增加，从而引起痘痘。
饮食因素：长期食用高糖、高脂肪、高乳制品的食物，会导致皮脂腺分泌增加，从而引起痘痘。
痤疮丙酸杆菌感染：痤疮丙酸杆菌分解皮脂腺分泌的游离脂肪酸，产生的炎症因子会导致痘痘的形成。
遗传因素：部分患者的发病与遗传有关。
2.治疗方法：
外用药物治疗：可以外用维A酸乳膏、过氧化苯甲酰凝胶等药物，具有溶解粉刺、抗炎的作用。
口服药物治疗：可以口服抗生素，如多西环素、米诺环素等，也可以口服异维A酸，对于严重的痤疮有较好的疗效。
物理治疗：可以采用红蓝光照射、光动力疗法等，对于痤疮丙酸杆菌有抑制作用，还可以促进炎症消退。
化学剥脱：对于痤疮遗留的色素沉着和瘢痕，可以采用化学剥脱的方法进行治疗。
需要注意的是，肩膀两侧长痘痘的患者应注意皮肤清洁，避免使用油腻的护肤品，饮食应清淡，避免食用辛辣、油腻、高糖的食物。同时，应避免用手搔抓，以免引起感染。如果痘痘症状严重，建议及时就医，在医生的指导下进行治疗。