一、黄体功能不全
黄体是排卵后由卵泡迅速转变成的富有血管的腺体样结构，其功能是分泌黄体酮。若黄体发育不良或功能不全，则会导致黄体酮分泌量偏少，这是怀孕初期黄体酮偏低的常见原因之一，主要与卵巢本身的内分泌调节异常等因素相关，使得黄体无法正常维持妊娠所需的黄体酮水平。
二、胚胎因素
怀孕初期胚胎染色体异常等情况可能影响黄体功能，导致黄体酮分泌不足。胚胎染色体异常会干扰母体正常的妊娠生理过程，使得黄体相关的激素调节出现紊乱，进而引起黄体酮偏低。
三、内分泌因素
1.甲状腺功能减退：甲状腺分泌的激素与生殖内分泌系统密切相关，甲状腺功能减退时，机体的内分泌平衡被打破，会影响到黄体的正常功能，导致黄体酮分泌减少。
2.高泌乳素血症：过高的泌乳素水平会抑制下丘脑-垂体-卵巢轴的功能，影响黄体生成素等激素的分泌，从而间接导致黄体酮偏低。
四、其他因素
1.生活方式：长期熬夜、精神压力过大等不良生活方式可能影响内分泌系统的正常调节，进而干扰黄体分泌黄体酮的功能，增加怀孕初期黄体酮偏低的风险。
2.母体自身免疫异常：母体自身免疫异常时，免疫系统可能攻击黄体等相关组织，影响黄体的正常功能，导致黄体酮分泌不足。例如存在抗磷脂抗体等自身抗体时，可能干扰黄体的生理过程，使得黄体酮水平偏低。