一、黄体功能不全
女性卵巢中的黄体负责分泌孕酮，若黄体功能不全，其分泌孕酮的能力就会下降，从而导致刚怀孕时孕酮水平偏低。这是临床上导致孕早期孕酮低较为常见的原因之一，黄体功能的正常发挥受多种因素调控，如自身内分泌调节机制等出现异常时易引发黄体功能不全。
二、胚胎因素
胚胎发育异常时，可能会影响胎盘的正常功能，进而影响孕酮的分泌。例如胚胎染色体异常等情况，会干扰正常的妊娠生理过程，使得孕酮分泌量不足。
三、内分泌系统疾病影响
1.甲状腺功能减退：甲状腺分泌的激素对机体的代谢等多种生理功能有调节作用，当发生甲状腺功能减退时，会影响体内激素的平衡，进而影响孕酮的合成与分泌，导致孕早期孕酮水平偏低。
2.其他内分泌疾病：如肾上腺疾病等，也可能通过影响体内激素的整体调节网络，间接导致孕酮分泌异常，引起刚怀孕时孕酮低的情况。
四、子宫异常因素
子宫畸形等子宫结构异常的情况，会对胚胎的着床和发育环境产生不利影响，可能干扰孕酮的正常分泌过程，从而出现孕酮低的现象。
五、生活方式影响
过度劳累、长期精神压力过大等不良生活方式，会影响机体的内分泌调节功能，进而可能导致孕酮分泌受到影响，使得刚怀孕时孕酮水平偏低。比如长期处于高压力状态下，会通过神经-内分泌轴的调节紊乱，波及孕酮的分泌环节。