上厕所小便时疼痛，可能是以下原因引起：
1.尿道炎：尿道炎是泌尿系统最常见的疾病。女性的尿道较短且直，尿道口与阴道口和肛门相邻，容易发生感染。尿道炎可由细菌、真菌、病毒等感染引起。除了尿痛，还可能出现尿频、尿急、尿道口红肿等症状。治疗方法包括使用抗生素、多饮水、注意个人卫生等。
2.膀胱炎：膀胱炎是膀胱的炎症，也会导致小便时疼痛。除了尿痛，还可能伴有尿频、尿急、下腹疼痛等症状。膀胱炎的治疗方法与尿道炎相似。
3.前列腺炎：前列腺炎是男性前列腺的炎症，也可能导致小便时疼痛。此外，还可能出现尿频、尿急、尿不尽、会阴部疼痛等症状。前列腺炎的治疗需要根据具体情况选择药物治疗、物理治疗或手术治疗等。
4.泌尿系统结石：泌尿系统结石如肾结石、输尿管结石等，也可能引起小便时疼痛。结石移动时会刺激尿路黏膜，导致疼痛。此外，还可能出现血尿、恶心、呕吐等症状。治疗方法包括药物排石、体外冲击波碎石、手术取石等。
5.其他原因：其他原因如尿道口息肉、尿路肿瘤等也可能导致小便时疼痛。
总之，上厕所小便时疼痛可能是多种疾病的症状，需要及时就医，进行相关检查，明确诊断，并采取相应的治疗措施。同时，要注意个人卫生，多饮水，避免憋尿，有助于预防泌尿系统感染。