上厕所小便时的疼痛可能由多种原因引起，以下是一些可能的原因和建议：
1.尿路感染：如尿道炎、膀胱炎等，通常还伴有尿急、尿频等症状。可通过尿常规等检查确诊，治疗方法包括使用抗生素等药物。同时，注意多饮水、保持尿道口清洁。
2.尿路结石：如膀胱结石、输尿管结石等，可引起排尿疼痛，还可能伴有血尿。较小的结石可通过多饮水、运动等方式排出，较大的结石可能需要进行体外冲击波碎石或手术治疗。
3.前列腺炎或前列腺增生：男性患者中较为常见，可导致排尿疼痛、尿频、尿急等症状。治疗方法因病因而异，可能包括药物治疗、物理治疗或手术治疗。
4.其他原因：尿道口炎、外阴炎、膀胱肿瘤等也可能引起排尿疼痛。此外，药物副作用、放射性膀胱炎等也可能导致类似症状。
如果出现上厕所小便时的疼痛，建议及时就医，进行相关检查，以明确病因，并采取相应的治疗措施。同时，应注意个人卫生，保持尿道口清洁，避免憋尿，多饮水，多排尿，有助于预防尿路感染的发生。对于女性患者，尤其要注意经期卫生，避免逆行感染。在治疗期间，应遵循医生的建议，按时服药，并注意观察症状的变化。如果症状加重或出现其他不适，应及时复诊。