男生小便的时候尿道刺痛，可能与以下原因有关：
1.尿道炎：尿道炎是尿道黏膜的炎症，可由细菌、病毒等感染引起。除了尿道刺痛，还可能伴有尿频、尿急、尿道口红肿等症状。尿道炎患者在排尿时，尿液刺激炎症部位，会引起疼痛。
2.前列腺炎：前列腺炎是男性前列腺的炎症性疾病，可分为急性前列腺炎和慢性前列腺炎。前列腺炎患者在排尿时，也会出现尿道刺痛的症状，同时还可能伴有会阴部、耻骨上区、腹股沟区等部位的疼痛不适，以及尿频、尿急、尿不尽等排尿异常。
3.尿道结石：尿道结石是指在尿道内形成的结石，可导致尿道黏膜损伤，引起尿道刺痛。此外，结石还可能阻塞尿道，导致排尿困难。
4.其他原因：除了上述疾病，尿道损伤、尿道狭窄、包茎等也可能导致男生小便时尿道刺痛。
需要注意的是，尿道刺痛可能是一种症状，而不是一种独立的疾病。如果出现尿道刺痛，应及时就医，进行相关检查，如尿常规、尿道分泌物涂片和培养、超声等，以明确病因，并采取相应的治疗措施。同时，在治疗期间，应注意个人卫生，多喝水，避免憋尿，少吃辛辣刺激性食物，有助于病情的恢复。