跑步性腹痛通常是由多种因素引起，比如运动前准备不充分、运动中呼吸节奏紊乱、胃肠道痉挛或内脏器官供血不足等。
一、运动前准备不足
运动前没有进行充分的热身活动，肌肉没有得到良好的激活，突然剧烈跑步时，身体的机能还未完全进入运动状态，可能导致腹部肌肉痉挛，从而引发腹痛。尤其对于平时缺乏运动的人，更易出现这种情况，因为身体的运动协调性和适应性需要一个逐步调动的过程。
二、呼吸节奏紊乱
跑步时呼吸节奏如果没有调整好，比如呼吸过浅或呼吸频率过快，会使体内氧气供应和二氧化碳排出失衡，导致呼吸肌疲劳，进而影响到腹部脏器的正常功能，引发腹痛。一般在开始跑步后不久，如果呼吸没有及时调整到合适的节奏，就可能出现这种状况。
三、胃肠道痉挛
跑步过程中，胃肠道受到震动，若本身胃肠道较为敏感，或者运动时摄入了过多食物、饮料，就容易引起胃肠道痉挛，表现为腹痛。特别是在进食后不久就进行跑步运动，这种情况发生的概率相对较高，因为胃肠道需要时间来消化食物，剧烈运动干扰了其正常的消化过程。
四、内脏器官供血不足
跑步时身体的血液重新分布，大量血液流向运动的肌肉，导致内脏器官相对供血不足。对于一些体质较弱或心肺功能不太好的人，这种内脏器官供血不足的情况可能更明显，进而引发腹痛。比如本身心肺功能欠佳的人在跑步时，身体对血液的重新分配调节能力较弱，就容易出现内脏供血问题导致腹痛。