睾丸隐隐作痛可能是由多种原因引起的，例如睾丸炎、附睾炎、精索静脉曲张等。有些情况下，睾丸隐隐作痛可能会自愈，例如由于过度劳累、性生活过于频繁等原因引起的短暂性睾丸疼痛。但有些情况下，睾丸隐隐作痛可能需要治疗，例如由睾丸炎、附睾炎等疾病引起的疼痛。
如果睾丸隐隐作痛持续时间较长、疼痛程度加重、伴有发热、恶心等症状，应及时就医，进行相关检查，如血常规、超声等，以明确病因，并采取相应的治疗措施。
因此，睾丸隐隐作痛是否会自愈，需要根据具体情况进行判断。如果疼痛持续时间较长或伴有其他不适症状，应及时就医，以免延误病情。