睾丸隐隐作痛是否会自愈，取决于引起疼痛的原因。以下是一些可能的情况：
1.睾丸扭转：这是一种急症，需要立即就医。如果不及时治疗，睾丸可能会坏死，导致无法自愈。
2.附睾炎或睾丸炎：这两种炎症通常需要使用抗生素治疗，如果治疗不彻底，可能会导致慢性炎症，影响睾丸功能。
3.精索静脉曲张：如果症状较轻，可能会在休息后缓解，但如果病情严重，可能会影响生育能力。
4.其他原因：如睾丸损伤、肿瘤等，也可能导致睾丸疼痛，需要进一步检查和治疗。
因此，如果出现睾丸隐隐作痛，建议及时就医，进行详细的检查，以确定病因，并采取相应的治疗措施。同时，在就医前，应注意休息，避免剧烈运动和长时间站立，不要自行服用止痛药，以免掩盖病情。