三个月宝宝咳嗽有痰，可能是生理现象，也可能与疾病相关。如果是生理现象，通常不需要特殊处理；如果是疾病导致，需要根据具体情况采取相应的治疗措施。以下是一些建议：
1.观察宝宝的情况：注意观察宝宝的咳嗽频率、咳嗽声音、呼吸情况、精神状态等，以及是否有发热、喘息、呼吸困难等症状。
2.保持室内空气湿润：可以使用加湿器增加室内空气湿度，有助于缓解咳嗽和咳痰。
3.拍背排痰：将宝宝竖着抱起，空心掌由下往上、由外向内轻轻拍打宝宝的背部，有助于痰液的排出。
4.适当补充水分：可以给宝宝适量喂水，有助于稀释痰液，促进痰液咳出。
5.就医治疗：如果宝宝咳嗽持续不缓解、咳嗽加重、出现发热、喘息等症状，或者影响了宝宝的睡眠、饮食等，需要及时就医。医生可能会根据宝宝的具体情况，进行相关的检查和治疗，如血常规、胸片等，以明确病因，并给予相应的药物治疗，如止咳化痰药、抗生素等。
需要注意的是，不要自行给宝宝使用止咳药或祛痰药，以免药物不良反应或掩盖病情。同时，在就医过程中，要如实告知医生宝宝的症状、病史等情况，以便医生进行准确的诊断和治疗。此外，如果宝宝有其他异常情况，如先天性心脏病、早产、低体重等，也需要及时告知医生，以便医生进行评估和处理。