一、黄体功能不全
女性卵巢排卵后形成黄体，黄体主要功能是分泌黄体酮。若黄体发育不良或萎缩不全，会导致其分泌的黄体酮量不足，这是怀孕后黄体酮低的常见原因之一，多与卵巢本身的内分泌调节异常相关，如卵泡期激素分泌失调等影响了黄体的正常形成与功能维持。
二、胚胎因素
胚胎染色体异常等情况可影响母体的激素调节机制，使得黄体受到不良影响，进而导致黄体酮分泌不足。例如，染色体数目或结构异常的胚胎，会干扰母体正常的妊娠激素调控过程，使得黄体分泌黄体酮的功能受限。
三、内分泌因素
1.甲状腺功能减退：甲状腺激素对机体的代谢、内分泌等多方面起重要调节作用，当甲状腺功能减退时，会影响下丘脑-垂体-卵巢轴的功能，进而影响黄体分泌黄体酮的能力，导致黄体酮水平降低。
2.高泌乳素血症：过高的泌乳素水平可抑制下丘脑分泌促性腺激素释放激素，影响卵巢功能，干扰黄体的正常功能，使得黄体酮分泌减少。
四、全身性疾病
某些全身性疾病也可能导致怀孕后黄体酮低，如糖尿病患者若血糖控制不佳，机体的代谢紊乱等情况可能影响激素的合成与分泌，包括对黄体酮分泌的影响；严重的营养不良等情况也会因机体整体状态不佳，影响内分泌系统的正常功能，进而导致黄体酮水平降低。
五、生活方式因素
长期过度劳累、精神压力过大等不良生活方式可影响内分泌系统的稳定性。例如，长期精神紧张会通过神经内分泌途径干扰下丘脑-垂体-卵巢轴的正常功能，使得黄体分泌黄体酮的功能受到影响，从而出现黄体酮低的情况。