一、黄体功能不全
黄体是排卵后由卵泡迅速转变成的富有血管的腺体样结构，黄体功能不全时，黄体分泌的黄体酮量会不足。正常情况下，卵泡发育成熟后排卵，黄体形成并分泌孕酮以支持早期妊娠，若黄体发育不良则孕酮分泌减少，这是怀孕初期黄体酮低的常见原因之一，相关研究显示约40%~50%的早期妊娠黄体酮低与黄体功能不全相关。
二、胚胎因素
胚胎染色体异常是导致怀孕初期黄体酮低的重要原因。当胚胎存在染色体数目或结构异常时，会影响胚胎的正常发育，进而影响黄体的功能，导致黄体分泌孕酮的能力下降，使得体内黄体酮水平偏低。
三、内分泌因素
1.甲状腺功能减退：甲状腺激素对女性生殖内分泌功能有重要调节作用，甲状腺功能减退时，甲状腺激素分泌不足，会影响下丘脑-垂体-卵巢轴的功能，导致黄体生成素等分泌异常，进而影响黄体酮的合成与分泌，引起怀孕初期黄体酮低。
2.高泌乳素血症：体内泌乳素水平异常升高时，会抑制促性腺激素的分泌，影响卵巢功能，干扰黄体的正常功能，导致黄体酮分泌减少。
四、其他因素
1.生活方式因素：长期精神压力过大、过度劳累等可影响神经内分泌系统，进而影响黄体功能，导致黄体酮低；此外，长期吸烟、酗酒等不良生活习惯也可能干扰内分泌平衡，影响黄体酮的分泌。
2.母体自身免疫因素：自身免疫性疾病患者体内存在异常的自身抗体，可能攻击黄体细胞等，影响黄体的正常功能，导致黄体酮分泌不足。例如抗磷脂抗体综合征患者，自身抗体可损伤胎盘及黄体相关组织，引起黄体酮低。