指甲盖上出现很多跟针眼似的小坑，可能是以下原因引起：
1.银屑病：银屑病是一种常见的慢性炎症性皮肤病，可导致指甲出现凹陷、变形、增厚等异常。
2.扁平苔藓：扁平苔藓是一种皮肤黏膜慢性炎症性疾病，也可能影响指甲，导致指甲出现小坑、纵嵴等改变。
3.斑秃：斑秃是一种自身免疫性疾病，可导致头发、眉毛、睫毛等毛发脱落，也可能影响指甲，出现小坑、纵嵴等异常。
4.湿疹：湿疹是一种常见的过敏性皮肤病，可导致皮肤出现红斑、丘疹、水疱、渗出、结痂等改变，也可能影响指甲，出现小坑、纵嵴等异常。
5.感染：某些细菌、真菌、病毒等感染也可能导致指甲出现异常，如灰指甲、手足口病等。
6.药物副作用：某些药物，如化疗药物、抗抑郁药等，可能导致指甲出现异常。
7.营养不良：维生素、矿物质等营养素缺乏可能导致指甲出现异常。
8.其他：遗传、自身免疫性疾病、内分泌疾病等也可能导致指甲出现异常。
需要注意的是，指甲盖上出现小坑可能是多种原因引起的，具体原因需要根据患者的具体情况进行综合判断。如果指甲盖上的小坑持续不消失或伴有其他症状，如疼痛、瘙痒、变色、变形等，应及时就医，进行相关检查和治疗。