三个月婴儿感冒鼻塞咳嗽，可采取以下方法治疗。
1.清理鼻腔：使用生理性海盐水滴鼻或喷鼻，软化或稀释鼻腔分泌物，然后使用吸鼻器吸出分泌物，以缓解鼻塞。
2.保持湿润：使用加湿器增加空气湿度，有助于缓解咳嗽和鼻塞。
3.改变体位：经常改变婴儿的体位，有助于分泌物的排出。
4.拍背：空心掌轻轻拍打婴儿背部，由下往上，帮助痰液咳出。
5.补充水分：适当增加婴儿的水分摄入，有助于缓解咳嗽和稀释痰液。
6.远离过敏原：如果明确过敏原，应尽量避免接触，以减轻咳嗽和鼻塞症状。
7.药物治疗：如果症状持续不缓解或加重，应在医生的指导下使用药物治疗，如抗组胺药、止咳药等。需注意，药物的使用应严格按照医嘱，避免滥用。
8.及时就医：如果婴儿出现发热、呼吸急促、喘息等症状，应及时就医，以免延误病情。
需要注意的是，每个婴儿的情况都不同，治疗方法应根据具体情况进行选择。如果对婴儿的病情有任何疑虑，应及时咨询医生。同时，在护理婴儿时，应注意保持环境清洁、通风，避免交叉感染。