根据你提供的信息，可能有以下原因导致脚趾上长有硬疙瘩且伴有疼痛：
1.鸡眼：长期挤压和摩擦会导致脚趾皮肤角质层增厚，形成鸡眼。鸡眼一般呈圆锥形，尖端向内，压迫神经末梢，引起疼痛。可以外用鸡眼膏、水杨酸软膏等药物，也可以通过激光、冷冻等物理方法去除。
2.跖疣：由人乳头瘤病毒感染引起，可通过皮肤的微小破损自身接种传染，从而越来越多。跖疣通常表现为黄豆大小或更大的发亮的丘疹，表面角化，粗糙不平，颜色呈灰黄、污褐或污黑色，压痛明显。可以外用维A酸乳膏、咪喹莫特乳膏等药物，也可以通过冷冻、电灼、刮除等方法去除。
3.胼胝：长期受压或摩擦导致皮肤角质层增厚，没有明显的炎症反应。胼胝一般没有明显的不适，也不会传染。如果胼胝影响了正常的生活或工作，可以用热水浸泡后用刀削去增厚的角质层。
4.痛风石：痛风是由于血尿酸水平过高导致尿酸盐结晶沉积在关节、肾脏等部位引起的疾病。痛风石是痛风的特征性表现之一，通常发生在耳廓、跖趾关节、指间关节等部位，质地坚硬，大小不一，表面菲薄，可有溃疡和窦道形成。痛风石的形成与血尿酸水平、病程、治疗方法等因素有关。如果痛风石影响了关节功能或造成局部破溃、感染，可在医生指导下采取药物（如秋水仙碱、非布司他等）、手术等方式进行治疗。
5.其他：脚趾上长有硬疙瘩且伴有疼痛还可能是其他原因引起的，如肿瘤、感染等。如果症状持续不缓解或加重，建议及时就医，明确诊断，并采取相应的治疗措施。
需要注意的是，以上内容仅供参考，不能替代专业的医疗建议。如果你的脚趾上长有硬疙瘩且伴有疼痛，建议及时就医，以便获得更准确的诊断和治疗方案。同时，要注意保持脚部的清洁和干燥，避免长时间走路或站立，选择合适的鞋子，避免挤压和摩擦脚趾。