每天早上五六点左右肚子疼，上完厕所就好了，可能是由以下原因引起：
1.五更泻：指的是每天早晨天还没亮就腹痛泄泻，中医认为是由肾阳不足、命门火衰引起。
2.肠易激综合征：是一种以腹痛或腹部不适伴排便习惯改变为特征的功能性肠病。
3.溃疡性结肠炎：是一种病因尚不明确的直肠和结肠慢性非特异性炎症性疾病，多累及直肠和乙状结肠。
4.其他：如肠道肿瘤、消化不良等也可能导致此类症状。
如果这种症状持续时间较长或伴有其他不适，建议及时就医，进行相关检查，如大便常规、肠镜等，以明确病因，并在医生的指导下进行治疗。同时，在日常生活中，要注意饮食卫生，避免食用辛辣、油腻、刺激性食物，保持良好的生活习惯和心态。