每天早上起来肚子疼，上完厕所就好了，可能是以下原因导致的。
1.肠易激综合征：
病因：病因尚不明确，可能与胃肠动力异常、内脏感觉异常、肠道感染、精神心理等因素有关。
原理：患者的结肠平滑肌容易发生痉挛，肠道蠕动也会变得不协调，从而导致腹痛。此外，患者的直肠对扩张刺激较为敏感，容易发生排便反射，所以腹痛后会想上厕所，便后疼痛可缓解。
治疗方法：肠易激综合征的治疗以改善症状、提高生活质量为主，可使用解痉药（如匹维溴铵）、止泻药（如洛哌丁胺）、泻药（如乳果糖）、抗抑郁药（如阿米替林）等。
2.慢性肠炎：
病因：主要与感染、免疫、遗传、环境等因素有关。
原理：炎症刺激可导致肠道痉挛，引起腹痛。炎症也可能使肠黏膜分泌大量黏液，导致腹泻。
治疗方法：治疗方法包括一般治疗（如调整饮食、注意休息）、药物治疗（如氨基水杨酸制剂、糖皮质激素、免疫抑制剂）等。
3.其他：
五更泻：又名肾泄，多因肾阳不足，命门火衰，阴寒内盛所致。
溃疡性结肠炎：病因尚不明确，可能与环境、遗传、肠道微生态、免疫等因素有关。主要表现为腹泻、黏液脓血便、腹痛等。
克罗恩病：病因尚不清楚，可能与环境、遗传、感染、免疫等因素有关。主要表现为腹痛、腹泻、瘘管形成和肠梗阻等。
如果这种情况持续时间较长或伴有其他症状，如发热、呕吐、消瘦等，建议及时就医，明确病因，并进行相应的治疗。此外，保持良好的生活习惯和饮食习惯，如规律作息、避免食用刺激性食物等，也有助于缓解症状。