右归丸和金匮肾气丸的主要区别在于药物组成、功效、主治病症等方面。
右归丸由熟地黄、附子（炮附片）、肉桂、山药、山茱萸、菟丝子、鹿角胶、枸杞子、当归、杜仲炭等中药组成。具有温补肾阳，填精止遗的功效。主要用于肾阳不足，命门火衰，腰膝酸冷，精神不振，怯寒畏冷，阳痿遗精，大便溏薄，尿频而清等病症。
金匮肾气丸则是由地黄、山药、山茱萸（酒炙）、茯苓、牡丹皮、泽泻、桂枝、附子（炙）、牛膝（去头）、车前子（盐炙）组成。具有温补肾阳，化气行水的功效。用于肾虚水肿，腰膝酸软，小便不利，畏寒肢冷等病症。
总的来说，右归丸偏于补肾阳，而金匮肾气丸则偏于温补肾阳，兼能化气行水。在用药时，应在医生的指导下根据具体病症进行选择，避免自行用药。