脚指甲变厚很疼，可能是以下原因引起：
1.灰指甲：由皮肤癣菌、酵母菌及非皮肤癣菌等真菌引起的甲板或甲下组织感染。灰指甲初期表现为甲板混浊、增厚或分离，随后可能出现变色、变形、甲板脱落等症状，伴有疼痛、瘙痒等不适感。
2.甲沟炎：甲沟及其周围组织的感染，多因甲沟刺伤、嵌甲或拔“倒皮刺”感染造成。开始时，指甲一侧的皮下组织发生红、肿、痛，有的可自行消退，有的却迅速化脓。脓液自甲沟一侧蔓延到甲根部的皮下及对侧甲沟，形成半环形脓肿。甲沟炎严重时疼痛剧烈，呈搏动性，手臂下垂时会加剧，影响睡眠和正常活动。
3.其他：厚甲症、甲癣、外伤、肿瘤等也可能导致脚指甲变厚、疼痛。
针对脚指甲变厚很疼的情况，可采取以下措施：
1.保持清洁：每天用温水泡脚，定期修剪指甲，避免指甲过长或过短。
2.避免感染：避免穿太紧的鞋子，避免长时间浸泡在水中，保持脚部干燥。
3.使用药物：如果是真菌感染引起的灰指甲，可以使用抗真菌药物，如特比萘芬、酮康唑等。如果是甲沟炎，可以使用抗生素进行治疗。
4.就医治疗：如果症状严重或持续不缓解，建议及时就医，进行详细的检查和诊断，并根据医生的建议进行治疗。
需要注意的是，以上内容仅供参考。如果出现脚指甲变厚很疼的情况，建议及时就医，以便明确病因，采取针对性的治疗措施。同时，在治疗过程中，应注意个人卫生，保持脚部清洁，避免感染加重。