阴茎上面皮肤长小水泡通常由以下原因导致：
一、阴囊湿疹：阴茎上面皮肤出现小水泡可能是由阴囊湿疹引起。这主要是因为患者局部接触到过敏原，从而引发局部皮肤过敏。对此，一般建议患者在医生指导下使用药物进行治疗，如莫匹罗星软膏可用于各种细菌性皮肤感染，夫西地酸乳膏对一些皮肤感染也有疗效。
二、生殖器疱疹：这种症状也可能是患者感染带状疱疹病毒造成的。此时会致使局部出现小水泡，同时伴有瘙痒、破溃、出血等不良状况。通常建议患者遵循医生指导使用抗病毒药物进行治疗，例如泛昔洛韦对带状疱疹和原发性生殖器疱疹有较好效果，阿昔洛韦也常用于此类病症的治疗。
三、包皮龟头炎：上述症状还有可能是患者患有包皮龟头炎所引发。患者患上包皮龟头炎后，主要表现为包皮红肿、灼痛，严重时就会出现这样的不良情况，并且可能有脓性分泌物从包皮口流出。一般建议患者可在医生指导下使用药物进行治疗，像庆大霉素可用于多种细菌感染，卡那霉素也适用于一些感染病症。
总之，当阴茎上面皮肤出现长小水泡的情况时，要及时就医，明确具体原因，并根据医生的建议进行针对性的治疗。