藿香正气水不能治疗灰指甲。灰指甲是由真菌感染甲板或甲床引起的疾病，具有传染性。藿香正气水的主要成分是藿香、苍术、陈皮、白芷等，具有解表化湿、理气和中的功效，主要用于治疗外感风寒、内伤湿滞或夏季受到寒湿引起的感冒、呕吐、腹泻等症状。
治疗灰指甲需要使用抗真菌药物，如特比萘芬、伊曲康唑等。这些药物可以抑制真菌的生长和繁殖，从而达到治疗灰指甲的目的。在使用抗真菌药物治疗灰指甲时，需要注意以下几点：
1.按照医生的建议使用药物，不要自行增减剂量或停药。
2.治疗时间较长，一般需要几个月甚至更长时间，需要耐心坚持。
3.注意个人卫生，保持足部清洁干燥，避免与他人共用鞋袜、拖鞋等物品。
4.如果同时患有其他疾病，如糖尿病、免疫系统疾病等，需要积极治疗原发病，以提高治疗效果。
总之，灰指甲是一种比较顽固的疾病，需要及时就医，选择合适的治疗方法。同时，要注意个人卫生，避免交叉感染。