脸两边腮帮子酸疼可能由多种原因引起，以下是一些常见的原因和建议：
1.咀嚼习惯不良：长期用一侧牙齿咀嚼食物，会导致该侧咀嚼肌过度使用，从而引起腮帮子酸疼。建议改变咀嚼习惯，双侧交替咀嚼。
2.啮合关节紊乱：啮合关节紊乱综合征是一种累及咀嚼系统各成员的多因素疾病，具体病因尚不明确，可能与心理社会因素、创伤因素、免疫因素等有关。患者会出现咀嚼肌疼痛、开口受限、下颌运动异常等症状，也可表现为腮帮子酸疼。可采用局部热敷、按摩、针灸等方法缓解症状，也可遵医嘱使用盐酸乙哌立松片、氯唑沙宗片等药物治疗。
3.腮腺炎：由腮腺炎病毒引起的急性、全身性感染，以腮腺肿痛为主要特征，部分患者可有腮腺区酸疼。可采用对症治疗，纠正水、电解质及酸碱平衡。如果有睾丸炎等并发症，需及时就医治疗。
4.其他：面部外伤、智齿冠周炎、根尖周炎等也可能导致脸两边腮帮子酸疼。
如果腮帮子酸疼持续时间较长或症状加重，建议及时就医，明确病因，以便进行针对性治疗。此外，日常生活中应注意保持良好的口腔卫生，避免过度劳累和精神紧张。