三个月的小孩肚肚子有胀气，可以通过以下方法进行治疗：
1.调整饮食：如果是母乳喂养，妈妈应避免食用容易产气的食物，如豆类、玉米、红薯等。如果是配方奶喂养，可以尝试更换奶粉品牌或调整奶粉冲泡比例。
2.腹部按摩：将宝宝平放在床上，以肚脐为中心，用手掌顺时针按摩宝宝的腹部，每次按摩5-10分钟，每天按摩3-4次，有助于促进肠道蠕动，缓解胀气。
3.喂奶姿势：喂奶时，让宝宝的嘴巴完全含住乳头和大部分乳晕，避免吸入过多空气。喂奶后，及时拍嗝，帮助宝宝排出胃内空气。
4.药物治疗：可以在医生的指导下，给宝宝服用一些益生菌或西甲硅油，调节肠道菌群，缓解胀气。
5.就医治疗：如果宝宝胀气严重，伴有呕吐、腹泻、哭闹不止等症状，应及时就医，排除其他疾病的可能。
需要注意的是，在治疗过程中，应密切观察宝宝的情况，如有异常，应及时就医。同时，应保持宝宝的腹部温暖，避免着凉。