深呼吸时右肩胛疼可能是由以下原因引起：
1.肩部疾病：肩周炎、肩袖损伤等肩部疾病可能导致深呼吸时右肩胛疼痛。这些疾病通常与肩部的炎症、损伤或退行性改变有关。
2.肺部疾病：肺部感染、肺炎、胸膜炎等肺部疾病也可能引起深呼吸时右肩胛疼痛。这些疾病可能导致肺部炎症、积液或其他异常，刺激胸部和肩部的神经，引起疼痛。
3.心脏疾病：某些心脏疾病，如心肌梗死、心绞痛等，可能引起右侧肩胛区的牵涉痛。这种疼痛通常与心脏的供血不足或其他心脏问题相关。
4.神经病变：胸廓出口综合征、肋间神经炎等神经病变也可能导致深呼吸时右肩胛疼痛。这些病变可能影响神经的传导，导致肩部和胸部的疼痛。
5.肌肉劳损或拉伤：过度使用肩部肌肉、提重物或运动损伤可能导致肌肉劳损或拉伤，从而引起深呼吸时右肩胛疼痛。
6.其他原因：胆囊炎、胆结石等腹部疾病，或颈椎疾病等也可能引起类似的疼痛症状。
如果出现深呼吸时右肩胛疼痛，建议采取以下措施：
1.休息：避免过度使用肩部，减少肩部的活动和负重。
2.保持正确姿势：保持良好的坐姿和站姿，避免长时间低头或弯腰。
3.热敷或冷敷：根据疼痛的情况，可以选择热敷或冷敷来缓解疼痛和肿胀。
4.药物治疗：可以使用非甾体抗炎药（如布洛芬）来缓解疼痛和减轻炎症。
5.就医：如果疼痛持续不缓解、加重或伴有其他症状，如呼吸困难、胸闷、恶心等，应及时就医。医生可能会进行详细的身体检查、影像学检查（如X光、CT、MRI等）等，以确定疼痛的原因，并制定相应的治疗方案。
需要注意的是，深呼吸时右肩胛疼可能是多种疾病的表现，因此需要综合考虑个人的病史、症状和体征，以及医生的诊断和建议。在治疗过程中，应遵循医生的指导，按时服药、进行康复训练或其他治疗措施，并定期复诊以评估治疗效果。此外，如果疼痛严重或持续时间较长，应避免自行用药或采取不当的治疗方法，以免延误病情。