引起深呼吸时右胸疼、右肾疼的原因有很多，常见的有以下几种：
1.胸壁疾病：如右侧胸膜炎、右侧肋软骨炎、肋间神经炎等，这些疾病可能会导致深呼吸时右胸疼。如果疼痛放射至右肾区，可能会出现右肾区疼痛。
2.肺部疾病：如右侧肺炎、肺结核、肺肿瘤等，这些疾病可能会导致深呼吸时右胸疼。如果疼痛放射至右肾区，可能会出现右肾区疼痛。
3.心脏疾病：如心绞痛、心肌梗死等，这些疾病可能会导致深呼吸时右胸疼。如果疼痛放射至右肾区，可能会出现右肾区疼痛。
4.肾脏疾病：如右侧肾盂肾炎、右侧肾肿瘤等，这些疾病可能会导致深呼吸时右肾区疼。
5.其他：如右侧肌肉拉伤、右侧带状疱疹等，也可能会导致深呼吸时右胸疼、右肾疼。
如果出现深呼吸时右胸疼、右肾疼的症状，建议及时就医，进行相关检查，如胸部X线、CT、心电图、肾功能等，以明确病因，并进行针对性治疗。同时，在就医前应注意休息，避免剧烈运动，避免劳累，避免食用辛辣刺激性食物。