大便肛门疼可能由多种原因引起，以下是一些常见的病因：
1.肛裂：（一）肛管皮肤全层纵行裂开后形成的感染性溃疡。（二）典型临床表现为肛门疼痛、便秘和便血。肛门视诊可发现肛裂“三联征”，即肛裂、前哨痔和肛乳头肥大。
2.外痔：（一）由痔外静脉丛曲张或肛缘皱襞皮肤发炎、肥大、结缔组织增生或血栓瘀滞而形成的肿块。（二）肛门局部有下坠或异物感，如有肿物脱出，肛门瘙痒，疼痛等明显症状。
3.肛管或直肠损伤：（一）肛门或肛管受损，细菌感染引发炎症。（二）肛门损伤后，可引起感染，导致局部疼痛。
4.肛门直肠周围脓肿：（一）肛腺阻塞感染，可致肛周脓肿，是肛管、直肠周围软组织内或其周围间隙内发生的急性化脓性感染。（二）脓肿破溃或切开引流后常形成肛瘘。
5.肛管直肠癌：（一）指齿状线至直肠乙状结肠交界处之间的癌肿。（二）肛管直肠癌破溃感染，可引起肛门直肠周围脓肿。
6.其他：（一）肛门部位的性病，如梅毒、尖锐湿疣等，也会引起肛门疼痛。（二）肛门部位的神经痛，如会阴神经痛等，也会引起肛门疼痛。
总之，引起大便肛门疼的原因有很多，建议及时就医，明确病因，以便进行针对性治疗。