大便肛门疼的原因主要有以下几点：
1.肛裂：
病因：肛裂是肛管皮肤全层裂伤后形成的感染性溃疡，常发于肛门后、前正中，以肛门后部居多，在两侧的较少。
病因导致症状的原理：肛管表面裂伤不能及时愈合，反复感染，创面深大，边缘不整齐，便时可引起肛门剧烈疼痛。
2.外痔发炎：
病因：外痔被擦破或是发炎后都会感到疼痛。
病因导致症状的原理：肛门同一方位齿线上下，静脉曲张形成团块，内外相通，括约肌间沟消失，使皮下的血管破裂、血瘀形成团块。
3.内痔嵌顿：
病因：内痔脱出肛门外，没有及时回纳，时间一长，局部静脉回流受阻，因而发炎肿胀，疼痛明显。
病因导致症状的原理：肛门齿线以上的直肠末端黏膜下或肛管皮肤下静脉丛淤血、扩张和屈曲而形成的柔软静脉团。
4.肛窦炎：
病因：肛窦炎是引起肛门胀痛坠感的最常见原因。
病因导致症状的原理：肛窦与肛瓣发炎也叫肛隐窝炎，进一步可发展成肛周脓肿。
5.肛周脓肿：
病因：肛周脓肿是指肛门周围软组织发生急慢性化脓性感染，而形成脓肿的结果。
病因导致症状的原理：通常表现为肛门周围出现硬结或肿块，伴有疼痛、红肿、发热、坠胀、排便困难等症状。
6.直肠癌：
病因：直肠癌是胃肠道中常见的恶性肿瘤发病率仅次于胃和食管癌。
病因导致症状的原理：早期直肠癌多数无症状，到一定程度时出现排便习惯改变、血便、脓血便、里急后重、便秘、腹泻等。
7.其他：
肛门异物损伤：多为外伤异物残留或饮食不当，鱼刺、骨片嵌插肛管直肠所致，故需请医生仔细检查，取出异物，疼痛即能缓解。若滞留时间过长，可引起局部感染。
肛管直肠恶性肿瘤：多在病程中、晚期出现肛门疼痛。
肛门损伤：如肛裂、侧切等。
如果出现大便肛门疼的情况，建议及时就医，明确原因，以便进行针对性治疗。同时，在日常生活中，应注意保持肛门清洁，避免久坐、久站，饮食清淡，多吃蔬菜水果，保持大便通畅。