5岁宝宝扁桃体两侧肥大，可能与感染、免疫因素、临近器官的病变等有关，治疗方法主要包括以下几种。
1.一般治疗
保持口腔清洁，每天睡前刷牙，饭后漱口。
饮食宜清淡，多吃蔬菜水果，避免食用辛辣、油腻、刺激性食物。
多喝水，以保持口腔湿润，缓解喉咙疼痛。
注意休息，避免过度劳累，保证充足的睡眠。
2.药物治疗
抗生素：如果是细菌感染引起的扁桃体肥大，可使用抗生素进行治疗，如青霉素、头孢菌素等。
抗病毒药物：如果是病毒感染引起的扁桃体肥大，可使用抗病毒药物进行治疗，如利巴韦林、阿昔洛韦等。
糖皮质激素：如果扁桃体肥大导致呼吸困难或吞咽困难，可使用糖皮质激素进行治疗，如泼尼松、地塞米松等。
3.手术治疗
扁桃体切除术：如果扁桃体肥大严重，影响呼吸、吞咽或发音功能，或经常发生扁桃体炎，可考虑手术切除扁桃体。
其他手术：如果扁桃体肥大是由于其他疾病引起的，如腺样体肥大、鼻腔疾病等，可能需要同时进行其他手术治疗。
需要注意的是，以上治疗方法应在医生的指导下进行，根据宝宝的具体情况选择合适的治疗方法。同时，家长应注意观察宝宝的病情变化，如有异常应及时就医。