一、药物治疗
1.维A酸类药物：维A酸乳膏等维A酸类药物可促进表皮细胞更新，调节表皮细胞增殖和分化，使角质层细胞疏松而容易脱落，从而达到去除扁平疣的作用。有研究表明，外用0.1%维A酸乳膏治疗扁平疣，一定疗程后可看到疣体改善。但使用时要注意可能会有局部刺激症状，如红斑、脱屑、烧灼感等，孕妇禁用。
2.干扰素：干扰素有抗病毒及调节免疫的作用。可以采用干扰素皮下注射或局部注射的方式。例如，重组人干扰素α-2b注射液，局部注射对扁平疣有一定疗效，但注射时可能会有局部疼痛等不适，过敏体质者需慎用。
二、物理治疗
1.冷冻治疗：利用低温使疣体组织坏死脱落。医生会用液氮等低温物质接触疣体，使其发生冷冻反应。一般来说，经过1-2次冷冻治疗后，部分患者的扁平疣可消退。冷冻治疗后局部会出现水疱、结痂，要注意保持局部清洁，避免感染，结痂后让其自然脱落，不要强行剥离。儿童进行冷冻治疗时要注意安抚，避免其过度紧张，治疗后要密切观察局部反应。
2.激光治疗：二氧化碳激光可直接烧灼疣体，使其碳化脱落。激光治疗的优点是速度较快，对于较小的扁平疣可一次去除。但激光治疗会有一定疼痛，术后要注意创面护理，防止感染，愈合期间要避免沾水等。儿童进行激光治疗需谨慎，要在专业医生操作下进行，且术后要加强护理。
3.电灼治疗：与激光治疗类似，通过电灼的高温破坏疣体组织。电灼治疗后创面恢复需要一定时间，同样要注意预防感染等情况。
三、自体免疫疗法
1.提取自身疣体进行处理后接种：将自身的扁平疣疣体提取出来，经过处理后接种到身体其他部位，激发自身免疫反应来清除疣体。但这种方法相对专业，需要在正规医疗机构由专业医生操作，一般人群不太容易自行操作，且存在个体差异，并非所有患者都适用。
四、日常注意事项
1.避免搔抓：扁平疣具有传染性，搔抓可能会导致疣体接种到其他部位，使疣体增多。无论是儿童还是成人，都要注意避免搔抓患处，儿童可能因为好奇等原因搔抓，家长要加以引导和看护。
2.增强免疫力：保持良好的生活方式，如均衡饮食、适量运动、充足睡眠等有助于增强免疫力，免疫力增强有利于身体对扁平疣的抵抗。儿童正处于生长发育阶段，要保证合理的营养摄入，鼓励其进行适当的户外活动以增强体质；成人也要注意规律作息，避免过度劳累等影响免疫力的行为。
3.注意个人卫生：不与他人共用毛巾、脸盆等个人物品，防止交叉感染。尤其是在公共场所，如游泳池、浴室等，要注意个人卫生防护，儿童使用公共物品后要及时清洁手部等接触部位。