附件囊肿是否会引起疼痛，与囊肿的性质、大小、位置等因素有关。一般来说，以下情况可能会导致附件囊肿疼痛：
1.囊肿蒂扭转：当囊肿的蒂部发生扭转时，会导致卵巢血液循环受阻，引起囊肿坏死、破裂，从而出现剧烈腹痛。这种情况多发生在剧烈运动、性生活或体位改变后。
2.囊肿破裂：如果囊肿体积较大，壁薄，在受到外力撞击或挤压时，可能会发生破裂，导致腹腔内出血，引起腹痛。
3.感染：当囊肿发生感染时，会引起炎症反应，出现腹痛、发热等症状。
4.其他：一些恶性囊肿也可能引起腹痛，同时还可能伴有消瘦、乏力等症状。
需要注意的是，并不是所有的附件囊肿都会引起疼痛，有些囊肿可能没有任何症状，只是在体检时发现。如果出现附件囊肿疼痛，应及时就医，进行相关检查，如超声、血常规等，以明确病因，并采取相应的治疗措施。
对于附件囊肿的治疗，主要根据囊肿的性质、大小、症状等因素来决定。一般来说，小于5cm的囊肿可以定期观察，无需特殊治疗；大于5cm的囊肿或有明显症状的囊肿，可能需要手术治疗。此外，一些生理性囊肿，如黄体囊肿，会在月经结束后自行消失，无需治疗。
总之，附件囊肿是否会疼痛因人而异，如果出现附件囊肿疼痛，应及时就医，以便早发现、早治疗。同时，女性应定期进行妇科检查，以便及时发现和处理妇科疾病。