三个月婴儿积食可以采取以下方法处理：
1.调整饮食：适当减少奶量或延长喂奶间隔，人工喂养的宝宝可在牛奶中加适量的水或米汤，母乳喂养的宝宝妈妈则要注意自己的饮食，少吃高脂肪高蛋白的食物，多以清淡为主。
2.腹部按摩：以宝宝的肚脐为中心，用手掌由左向右旋转轻轻摩擦宝宝的腹部，10圈休息5分钟，再按摩10圈，反复进行3-5回。
3.补充益生菌：益生菌可以帮助消化，改善肠道菌群，从而缓解积食的症状。
4.药物治疗：如果宝宝积食的症状比较严重，可以在医生的指导下使用一些药物，如妈咪爱、双歧杆菌四联活菌片等。
需要注意的是，三个月的婴儿身体比较娇嫩，在处理积食问题时，应该遵循医生的建议，不要自行用药。同时，要密切观察宝宝的情况，如果症状没有缓解或者出现了其他异常，应该及时就医。