三个月宝宝消化不良拉肚子，可能是由多种原因引起的，比如饮食不当、肠道感染、过敏等。以下是一些建议：
1.调整饮食：如果是母乳喂养，妈妈要注意自己的饮食，避免吃辛辣、油腻、生冷的食物；如果是配方奶喂养，可以考虑更换奶粉品牌或调整奶粉冲泡比例。
2.注意卫生：宝宝的餐具、玩具要经常消毒，保持宝宝的个人卫生。
3.腹部保暖：给宝宝穿上肚兜或用热水袋热敷腹部，以缓解腹部不适。
4.服用益生菌：益生菌可以调节肠道菌群，帮助消化，缓解拉肚子的症状。
5.就医治疗：如果宝宝拉肚子的症状比较严重，或者持续时间较长，建议及时就医，在医生的指导下使用药物治疗。
需要注意的是，每个宝宝的情况都不同，如果家长对宝宝的病情有任何疑问，应及时咨询医生。