三个月宝宝消化不良拉肚子，可能由多种原因引起，需要采取不同的措施。以下是一些建议：
1.观察宝宝的症状：如果宝宝只是轻微的拉肚子，没有其他不适症状，可以先观察一段时间，看看症状是否会自行缓解。
2.调整饮食：如果宝宝是母乳喂养，妈妈可以调整自己的饮食，少吃油腻、辛辣、生冷的食物。如果宝宝是配方奶喂养，可以考虑更换奶粉品牌或调整奶粉冲泡比例。
3.补充益生菌：益生菌可以帮助调节肠道菌群，缓解消化不良和拉肚子的症状。可以在医生的指导下，给宝宝补充益生菌。
4.注意腹部保暖：宝宝的腹部很容易受凉，导致消化不良和拉肚子。可以给宝宝穿上肚兜或使用热水袋热敷腹部，但要注意温度不要过高，以免烫伤宝宝。
5.避免使用抗生素：如果宝宝的拉肚子是由病毒感染引起的，使用抗生素不仅没有效果，还可能会导致肠道菌群失调，加重病情。
6.及时就医：如果宝宝的拉肚子症状比较严重，或者出现了其他不适症状，如发热、呕吐、脱水等，应及时就医，以便医生进行诊断和治疗。
需要注意的是，三个月的宝宝身体比较娇嫩，在处理宝宝的消化不良和拉肚子问题时，应遵循医生的建议，不要自行给宝宝用药。同时，要注意保持宝宝的饮食卫生，勤洗手，避免宝宝接触不洁物品。