摇头时头疼，可能与以下原因有关。
头部疾病
感染：脑膜炎、脑炎、脑脓肿等感染性疾病，可刺激脑膜或脑血管，引起头疼。
血管病变：蛛网膜下腔出血、脑出血、脑血栓形成、脑栓塞等血管疾病，可导致血管扩张或牵拉，刺激痛觉敏感结构，引起头疼。
占位性病变：颅内肿瘤、脑寄生虫病等，可使颅内压增高，牵拉脑膜或刺激痛觉敏感结构，引起头疼。
头颈部肌肉病变：紧张性头痛、偏头痛、颈肌炎等，可因肌肉收缩、牵扯头皮血管和神经，而引起头疼。
其他：颅脑外伤、脑震荡、脑挫伤等头部外伤，以及颈椎病、神经痛等，也可能导致摇头时头疼。
全身性疾病
感染：发热性疾病，如上呼吸道感染、流感、肺炎等，可因毒素吸收或体温升高，引起头疼。
中毒：铅、酒精、一氧化碳、有机磷等中毒，可影响脑血管功能，引起头疼。
其他：低血糖、贫血、尿毒症、系统性红斑狼疮、月经不调等，也可能出现头疼症状。
神经官能症及癔症
此类患者可有头疼等症状，但常伴有焦虑、紧张、失眠、记忆力减退等神经官能症症状。
此外，摇头时头疼还可能与环境因素、药物副作用、精神因素等有关。如果头疼持续不缓解或伴有其他症状，如恶心、呕吐、意识不清、肢体麻木等，应及时就医，进行相关检查，如头颅CT、MRI、脑血管造影等，以明确病因，并进行针对性治疗。同时，应注意休息，避免劳累、紧张、情绪激动等诱因。