两侧基底节区腔隙性脑梗死的治疗方法如下：
1.药物治疗：
抗血小板聚集药物：如阿司匹林、氯吡格雷等，可抑制血小板聚集，预防血栓形成。
他汀类药物：如阿托伐他汀、瑞舒伐他汀等，可降低血脂，稳定斑块。
改善血液循环药物：如丹参注射液、川芎嗪等，可扩张血管，改善血液循环。
神经保护药物：如依达拉奉、胞磷胆碱等，可保护神经细胞，减轻脑损伤。
2.康复治疗：包括物理治疗、作业治疗、言语治疗等，可帮助患者恢复功能，提高生活质量。
3.手术治疗：对于严重的腔隙性脑梗死或有明显症状的患者，可能需要手术治疗，如颈动脉内膜切除术、颅内外血管搭桥术等。
4.其他治疗：如控制血压、血糖、血脂，戒烟限酒，健康饮食，适量运动等。
需要注意的是，脑梗死的治疗应根据患者的具体情况制定个体化的方案，包括病情严重程度、合并疾病、年龄等因素。在治疗过程中，患者应积极配合医生的治疗，注意休息，保持健康的生活方式，定期复查。如果出现症状加重或新的症状，应及时就医。