两侧基底节区腔隙性脑梗死的治疗需综合多方面因素，一般可通过药物治疗、康复治疗等方式来处理。通常会使用抗血小板聚集药物，如阿司匹林等，它能抑制血小板的聚集，减少血栓形成的风险，一定程度上可预防脑梗死的进一步发展，不过具体用药需遵循医生指导。
药物治疗方面
改善脑循环药物： 比如丁苯酞软胶囊，它可以改善脑缺血区的微循环和血流量，促进侧支循环的建立，从而改善脑梗死患者的神经功能缺损症状。不过，使用这类药物时要注意可能存在的不良反应，如肝功能异常等，用药过程中需定期监测肝功能。控制基础疾病药物： 如果患者有高血压，需要使用降压药物来控制血压，一般将血压控制在140/90mmHg以下，但对于老年人等特殊人群，要注意降压不宜过快过低。常用的降压药物有氨氯地平、缬沙坦等。如果患者有糖尿病，需要使用降糖药物来控制血糖，使血糖尽量控制在空腹血糖4.4~7.0mmol/L，非空腹血糖≤10.0mmol/L的范围，常用药物有二甲双胍、胰岛素等。
康复治疗方面
早期康复训练： 在患者病情稳定后，一般在发病48小时后就可以开始进行早期康复训练。康复训练包括肢体的被动运动和主动运动，被动运动由医护人员或家属帮助患者活动肢体，防止肌肉萎缩和关节僵硬；主动运动则是鼓励患者自己进行肢体的活动，如握拳、伸腿等，从简单的动作开始逐渐增加难度。例如，先让患者进行手部的抓握练习，每天可以进行3~4次，每次10~15分钟。语言康复训练： 如果患者存在语言障碍，如说话不清、失语等，需要进行语言康复训练。可以从简单的发音练习开始，如让患者练习发“啊”“哦”等音，然后逐渐过渡到词语和句子的练习。康复治疗师会根据患者的具体情况制定个性化的训练方案，一般每周进行3~5次训练，每次训练30分钟左右。
生活方式调整方面
饮食调整： 患者要遵循低盐、低脂、低糖的饮食原则。每天盐的摄入量应控制在6克以下，避免食用咸菜、腌肉等含盐量高的食物；减少油脂的摄入，少吃油炸食品、动物内脏等，可多吃蔬菜、水果、全谷类食物等。例如，每天保证摄入400~500克蔬菜，200克左右的水果。戒烟限酒： 吸烟会加重血管内皮的损伤，增加脑梗死复发的风险，所以患者必须戒烟。饮酒也会对血管产生不良影响，应限制饮酒量，男性每天饮酒的酒精量不超过25克，女性不超过15克。两侧基底节区腔隙性脑梗死的治疗需要多管齐下，通过药物、康复、生活方式调整等综合措施来促进患者的康复，降低复发风险，提高生活质量，但具体的治疗方案要由医生根据患者的具体病情来制定。