头皮毛囊炎通常可使用抗生素类药物等治疗，一般外用莫匹罗星软膏等比较常用，若症状严重可能需配合口服抗生素。一般来说，外用药物治疗相对简便。
外用药物治疗
莫匹罗星软膏： 这是一种局部外用的抗生素，对革兰阳性球菌有很强的抗菌活性，能抑制细菌蛋白质的合成，从而起到杀菌消炎的作用。适用于革兰阳性球菌引起的头皮毛囊炎，直接涂抹在患处即可。夫西地酸乳膏： 对引起毛囊炎的常见细菌，如金黄色葡萄球菌等有良好的抗菌效果。它可以干扰细菌蛋白质的合成，进而发挥抗菌作用，使用时取适量均匀涂抹于患处。
口服药物治疗
头孢类抗生素： 如果头皮毛囊炎比较严重，炎症范围较大，可能需要口服头孢类抗生素，如头孢拉定等。头孢类抗生素通过抑制细菌细胞壁的合成来发挥杀菌作用，但对头孢过敏者禁用。大环内酯类抗生素： 像红霉素等大环内酯类抗生素也可用于头皮毛囊炎的治疗，它主要是抑制细菌蛋白质的合成。不过，使用时要注意其可能引起的胃肠道反应等。
注意事项
保持头皮清洁： 患者要注意经常洗头，保持头皮的清洁卫生，但洗头时要注意力度，避免过度搔抓头皮，以免加重毛囊炎的症状。一般建议每天或隔天洗一次头。注意饮食： 饮食上要避免食用辛辣、油腻、刺激性食物，如辣椒、油炸食品等，这些食物可能会加重头皮油脂分泌，从而加重毛囊炎。可以多吃一些新鲜的蔬菜和水果，补充维生素等营养物质。免疫力调节： 要注意提高自身免疫力，保证充足的睡眠，一般成年人每天需要7 - 8小时的睡眠时间。适当进行体育锻炼，如散步、慢跑等，也有助于增强免疫力，促进病情恢复。