月经干净后两天同房一般不会怀孕，但也不是绝对的。
首先，女性的排卵日期一般在下次月经来潮前的14天左右。排卵日的前5天和后4天，连同排卵日在内共10天称为排卵期。在排卵期内同房，受孕的几率较高。而月经干净后两天通常还处于安全期，此时卵子尚未发育成熟，排出的概率较低，所以怀孕的可能性较小。
然而，需要注意的是，女性的排卵时间可能会受到情绪、环境、健康状况等因素的影响而发生改变，出现额外排卵或提前排卵的情况。此外，精子在女性体内可存活2-3天，所以即使在安全期，也不能完全排除怀孕的可能。
对于月经周期不规律的女性，或者存在其他影响排卵的因素（如多囊卵巢综合征、高泌乳素血症等）的女性，安全期避孕法并不可靠，不能作为常规的避孕措施。这些女性如果没有怀孕计划，建议在同房时采取其他有效的避孕方法，如使用避孕套、口服避孕药、宫内节育器等。
此外，即使在安全期，同房时也应注意卫生，避免感染。同时，如果出现月经推迟、恶心、呕吐等怀孕症状，应及时进行验孕，以确定是否怀孕。
总之，虽然月经干净后两天同房怀孕的几率较低，但并不能完全排除怀孕的可能。为了安全起见，建议采取可靠的避孕措施，并注意个人卫生和身体变化。如果对避孕或怀孕有任何疑问，应咨询医生或专业的医疗机构。