月经干净两天后同房有怀孕的可能性，但相对较低。这与月经周期、排卵时间等因素相关。
一、月经周期规律者
对于月经周期规律，比如28 - 30天左右的女性，排卵日通常在下次月经前14天左右。月经干净两天后，一般还未到排卵期，此时同房怀孕概率相对小。但不是绝对安全，因为个体排卵可能受情绪、环境等因素影响而提前或推迟。
二、月经周期不规律者
若月经周期不规律，就较难通过月经干净时间来判断是否处于安全期。因为不规律的月经会使排卵时间难以预测，那么月经干净两天后同房就有怀孕风险。
三、特殊人群情况
对于青春期女性，月经周期尚不稳定；围绝经期女性，卵巢功能逐渐衰退，月经也不规律，这两类人群在月经干净两天后同房，怀孕可能性更难预估，相对更易出现意外怀孕情况，需特别谨慎。
四、避孕建议
若没有怀孕计划，不建议仅依据月经干净时间来避孕，可选择安全有效的避孕方法，如避孕套等，以降低意外怀孕风险。