卵巢囊肿的治疗需根据囊肿性质、大小等因素综合判断，一般直径小于5厘米且无明显症状的生理性囊肿，有自行消失的可能，可定期（通常3~6个月）复查超声观察变化。
生理性囊肿的处理
观察随访为主： 很多生理性卵巢囊肿是由于排卵等生理因素引起，比如滤泡囊肿，多数会在2~3个月经周期内自行消退，这期间只要定期超声检查监测囊肿大小变化就行。注意生活方式： 要保持规律作息，避免熬夜，同时尽量保持心情舒畅，因为不良的生活习惯和情绪可能会影响内分泌，对囊肿有一定影响。
病理性囊肿的治疗
手术治疗情况
囊肿较大或持续存在： 当囊肿直径大于5厘米，且持续存在超过3个月，考虑为病理性囊肿，多需要手术干预。手术方式有腹腔镜手术和开腹手术等，腹腔镜手术创伤小，恢复快，一般术后住院3~7天左右就能恢复。怀疑恶性囊肿： 如果通过肿瘤标志物检查（如CA125等）怀疑囊肿有恶性倾向，必须尽快手术，术中还会做冰冻切片病理检查来明确性质，以便进一步制定治疗方案。
药物辅助情况
辅助治疗用药： 对于一些术后预防复发等情况，可能会用到一些药物，比如避孕药等，但药物治疗一般是作为手术的辅助手段，不能单纯依靠药物消除较大的病理性囊肿。不过使用避孕药时要注意，有严重肝肾功能不全、有血栓病史等情况的人要慎用。
不同人群的治疗差异
育龄期女性： 如果有生育需求，手术时会尽量保留卵巢功能，选择对卵巢影响小的手术方式；如果没有生育需求且囊肿较大，可能会考虑更积极的手术方案。围绝经期女性： 由于接近绝经，卵巢功能逐渐衰退，对于卵巢囊肿可能会倾向于更积极的处理，因为绝经后卵巢囊肿恶变风险相对增高，可能会直接行单侧附件切除等手术。