凌晨12点到3点咳嗽厉害，可能与以下原因有关：
1.咳嗽变异性哮喘：咳嗽是其主要症状，多为刺激性干咳，通常在夜间或凌晨加重。此外，还可能伴有喘息、胸闷等症状。
2.上气道咳嗽综合征：除咳嗽外，患者还可能有鼻塞、流涕、打喷嚏等上气道症状。
3.胃食管反流病：胃酸反流刺激食管和喉部可导致咳嗽，常发生在夜间。患者可能还伴有烧心、反酸等症状。
4.心功能不全：平卧时回心血量增加，肺部淤血，可引起咳嗽，通常在夜间发作，坐位或立位时可减轻。
5.其他：如鼻炎、鼻窦炎患者夜间睡眠时分泌物倒流刺激咽喉部，也可引起咳嗽。
如果咳嗽症状持续不缓解或伴有其他不适，建议及时就医，明确病因，以便进行针对性治疗。同时，在日常生活中，应注意保持室内空气湿润，避免吸烟和接触刺激性物质，睡前避免进食过多，采取舒适的体位等，有助于缓解咳嗽症状。