便后手纸有血肛门疼痛可能是肛裂、痔疮、肛管或直肠肿瘤等肛肠疾病引起的，也可能是其他疾病的症状表现。以下是对这些可能病症的具体分析：
肛裂是肛管皮肤全层裂开所形成的小溃疡，典型症状是肛门疼痛、便血和便秘。排便时干硬的粪便直接摩擦溃疡面，会引起肛门剧痛，便后会持续一段时间。同时，肛管裂口下端皮肤因炎症、水肿，形成袋口，排便时，经常在此处被裂口干硬的粪便扩张，导致裂口加深，裂伤肛管形成肛裂。
痔疮是肛门直肠底部及肛门黏膜的静脉丛发生曲张而形成的一个或多个柔软的静脉团，主要症状为便血、脱出、肛门疼痛。内痔和混合痔发展到一定程度时，多会出现便血的症状，通常为鲜红色，表现为便后手纸带血或点滴而出，甚至喷射状出血。此外，内痔或混合痔发展到一定程度时，会从肛门脱出，轻者便后自行还纳回肛门，重者需用手上推还纳。如果内痔或混合痔被肛门括约肌嵌顿，会导致疼痛。
肛管或直肠肿瘤也会导致便后手纸有血肛门疼痛，同时还可能伴有大便习惯改变、大便性状改变、腹部肿块等症状。
除了肛肠疾病，一些其他疾病也可能出现便后手纸有血肛门疼痛的症状，如溃疡性结肠炎、克罗恩病、艾滋病、血小板减少性紫癜、白血病等。
总之，引起便后手纸有血肛门疼痛的原因较多，需要及时就医，进行相关检查，如肛门指诊、肛门镜检查、结肠镜检查等，以明确诊断，并采取相应的治疗措施。同时，在日常生活中，应注意保持肛门局部清洁，养成良好的排便习惯，避免久坐、久站，多吃蔬菜水果，多饮水，保持大便通畅。