孕三十九周小腹轻微疼可能是以下原因引起：
1.宫缩：孕三十九周可能会出现假性宫缩，其特点是宫缩持续时间短且不恒定，间歇时间长且不规则，宫缩强度不增加，常在夜间出现，清晨消失，这种宫缩不会引起宫颈管缩短和宫口扩张，通常不会导致分娩。但如果宫缩逐渐增强，间隔时间缩短，持续时间延长，或伴有阴道流血、流水等症状，可能是临产的先兆，需要及时就医。
2.胎儿下降：孕三十九周时，胎儿已经入盆，可能会压迫盆腔组织和神经，引起小腹轻微疼痛。这种疼痛通常是阵发性的，而且在活动后加重。
3.其他健康问题：除了上述原因外，小腹轻微疼痛还可能与其他健康问题有关，如膀胱炎、盆腔炎、子宫肌瘤等。这些问题可能会导致下腹疼痛、白带异常等症状。
4.孕妇的身体状况：孕妇的个人信息，如年龄、体重、既往病史等。也可能会影响小腹轻微疼痛的原因。例如，孕妇有高血压、糖尿病等疾病，可能会增加早产的风险。
5.胎儿的健康状况：胎儿的心率、胎动情况等。也可能会影响孕妇的腹部感觉。例如，胎儿有宫内窘迫等情况，可能会导致孕妇腹痛、胎动异常等症状。
综上所述，孕三十九周小腹轻微疼可能是正常的生理现象，也可能是异常情况的表现。建议孕妇注意观察疼痛的特点和变化，如果疼痛持续不缓解或伴有其他异常症状，如见红、破水、胎动异常等，应及时就医，进行产前检查和评估，以确保孕妇和胎儿的健康。