孕三十九周小腹轻微疼可能是正常的宫缩，也可能是其他原因引起，需要注意观察和区分。以下是一些可能的原因：
1.宫缩：孕三十九周时，子宫可能会出现不规律的宫缩，这是分娩的先兆之一。宫缩时，腹部会有轻微的疼痛，通常是阵发性的，而且间隔时间不规律。如果疼痛逐渐加剧，间隔时间越来越短，持续时间越来越长，可能是即将分娩的信号，需要及时就医。
2.胎儿下降：随着孕周的增加，胎儿会逐渐下降进入骨盆，这可能会导致小腹轻微的疼痛。这种疼痛通常是在下腹部，而且可能会伴有尿频、腰酸等症状。
3.其他原因：除了上述原因外，小腹轻微疼还可能与其他因素有关，如腹部受凉、饮食不当、泌尿系统感染等。这些原因引起的疼痛通常比较轻微，而且会伴有其他不适症状，如腹泻、尿急、尿痛等。
需要注意的是，每个孕妇的情况都不同，如果小腹轻微疼持续时间较长、疼痛加剧或伴有其他异常症状，如阴道流血、破水等，应及时就医，以便医生进行详细的检查和诊断，并给出相应的处理建议。同时，孕妇在孕期应注意休息，避免过度劳累和剧烈运动，保持良好的心态，注意饮食卫生和个人卫生，定期进行产前检查，以保障自身和胎儿的健康。