食物中毒可对人体多个系统造成危害，严重时甚至危及生命。一般来说，轻度食物中毒可能在数小时内出现不适症状，而重度食物中毒若不及时救治，可能在短时间内加重病情。
对消化系统的危害
胃肠道刺激： 食物中毒后常首先影响胃肠道，出现恶心、呕吐症状，一般在进食受污染食物后数小时内就可能发生。例如食用被细菌污染的食物后，细菌及其毒素刺激胃肠道黏膜，导致频繁呕吐，严重时可能吐出胆汁。还会有腹痛表现，腹痛部位多与病变部位有关，如细菌性食物中毒引起的肠炎，腹痛可在脐周较为明显，同时伴有腹泻，轻者每日数次，重者可达十余次，粪便可为稀便、水样便，甚至脓血便。肝肾功能损伤： 某些有毒物质引起的食物中毒会损害肝脏和肾脏。比如误食毒蘑菇导致的中毒，部分毒蘑菇中的毒素会损伤肝细胞，影响肝脏的正常代谢功能，使肝功能指标异常，如转氨酶升高等；同时也会对肾小管等造成损害，影响肾脏的滤过和排泄功能，出现尿量减少、蛋白尿等情况，严重时可发展为急性肾功能衰竭。
对神经系统的危害
神经兴奋或抑制： 一些食物中毒会影响神经系统。例如肉毒杆菌食物中毒，肉毒杆菌产生的肉毒毒素会作用于神经系统，初期可能出现头晕、头痛、乏力等症状，随后病情加重可出现视力模糊、眼睑下垂、复视等，这是因为毒素干扰了神经冲动的传递，导致神经功能异常。严重时会出现呼吸肌麻痹，若不及时抢救，可能因呼吸衰竭而死亡。还有一些植物性食物中毒，如发芽土豆中的龙葵碱中毒，也会对神经系统产生影响，轻者有头痛、头晕，重者可出现抽搐、昏迷等症状，是由于龙葵碱干扰了神经细胞的正常功能。感觉异常： 部分食物中毒患者会出现感觉异常，如口唇、指尖麻木等。这是因为毒素影响了神经末梢的感觉功能，使患者感知到异常的感觉。比如误食含有某些毒素的贝类后，可能出现口唇、手指等部位的麻木感，同时还可能伴有恶心、呕吐等胃肠道症状。
对心血管系统的危害
心律紊乱： 食物中毒可能影响心血管系统，导致心律紊乱。例如某些化学毒物引起的中毒，会干扰心肌细胞的电活动，使心脏的节律发生改变。轻者可能表现为心悸，自己能感觉到心跳异常，重者可出现严重的心律失常，如室性心动过速、心室颤动等，可危及生命。像误食含有重金属的食物导致中毒时，就可能对心肌产生毒性作用，引发心律紊乱。血压异常： 食物中毒还可能引起血压异常。有的毒素会影响血管的收缩和舒张功能，导致血压升高或降低。例如某些细菌产生的毒素可使血管通透性增加，血容量相对不足，引起血压下降；而另一些毒素可能导致血管收缩，使血压升高。血压异常若不及时纠正，会进一步影响重要脏器的血液供应，加重病情。