长期适量喝菊花茶一般没有明显害处，但如果过量饮用或不适合的人群长期喝可能存在一些问题。一般来说，正常体质人群适量饮用，每天喝3~5杯，每杯用3~5克菊花，通常不会有大问题。
体质不适合的人群需注意
虚寒体质者：这类人群本身阳气不足，菊花茶性微寒，长期饮用可能会加重手脚冰凉、怕冷、腹泻等虚寒症状。比如本身经常腹泻的虚寒体质者，长期喝菊花茶可能让腹泻情况更严重。阳虚体质者：阳虚体质表现为怕冷、手脚不温等，菊花茶的寒性会损耗阳气，长期饮用可能使阳虚症状加重，影响身体健康。
饮用方法不当的影响
冲泡过浓：如果菊花茶冲泡得太浓，其中的某些成分浓度过高，可能会刺激胃肠道，引起胃部不适，出现腹痛、恶心等症状。一般建议用适中的水温冲泡，浓度不宜过高。隔夜菊花茶：隔夜的菊花茶容易被细菌污染，长期饮用隔夜菊花茶可能导致肠道感染，出现腹痛、腹泻、呕吐等症状。所以应该喝新鲜冲泡的菊花茶。
与药物相互作用风险
正在服用温补中药者：如果正在服用人参、鹿茸等温补类中药，长期喝菊花茶可能会影响温补中药的疗效，因为菊花茶的寒性可能会抵消温补中药的作用。比如同时在喝人参汤又长期喝菊花茶，可能会让人参的补益效果大打折扣。服用西药者：某些西药可能与菊花茶发生相互作用，虽然这种情况相对较少，但如果长期大量饮用菊花茶，最好咨询医生，看是否会影响正在服用的西药的药效或产生不良反应。比如正在服用降压药的人，长期喝菊花茶是否会对血压控制产生影响还需谨慎考量。