早期：起病多急骤，呈发热，伴以怕冷、寒战、疲乏无力和食欲不振。
中期：当甲状腺腺泡内甲状腺激素由于感染破坏而发生耗竭，甲状腺实质细胞尚未修复前，血清甲状腺激素浓度可降至甲状腺功能减退水平，临床上患者虽有甲状腺功能减退的表现，但程度较轻，历时短暂，故称亚临床甲减。
恢复期：症状渐好转，甲状腺肿或及结节渐消失，也有不少病例，遗留小结节以后缓慢吸收。如果治疗及时，患者大多可完全恢复，一般不留后遗症。
针对早期发热显著者：可用乙酰水杨酸、非甾体类抗炎药等缓解症状。
针对症状较轻的患者：可用泼尼松维持4周，然后逐渐减量，总疗程6-8周。
针对永久性甲状腺功能减退患者：需要长期替代治疗。
针对有脓肿形成的患者：在使用抗生素治疗的同时，也可做脓肿穿刺抽吸及注药治疗。
需要注意的是，亚急性甲状腺炎有多种治疗方法，应根据患者的具体情况选择合适的治疗方案。同时，患者在治疗期间应注意休息，避免劳累，保持心情愉悦，合理饮食，补充足够的热量和营养，避免食用辛辣、刺激性食物。