月经干净两天后又出血，可能是以下原因引起：
1.子宫内膜修复不良：月经刚结束时，子宫内膜可能尚未完全修复，若此时进行剧烈运动、性生活或使用卫生棉条不当，可能导致再次出血。
2.排卵期出血：如果月经周期规律，出血时间在两次月经中间，可能是排卵期出血。这是由于排卵后雌激素水平下降，引起子宫内膜部分脱落所致，通常出血量较少，可伴有轻微腹痛或腰部不适。
3.妇科疾病：某些妇科疾病，如子宫肌瘤、子宫内膜息肉、宫颈炎等，也可能导致月经间期出血。
4.内分泌失调：如黄体功能不足、多囊卵巢综合征等内分泌疾病，可能影响月经周期和子宫内膜的正常生长，导致不规则出血。
5.其他因素：服用某些药物（如避孕药、孕激素等）、节育环移位、全身性疾病（如血小板减少性紫癜、再生障碍性贫血等）等也可能引起这种情况。
对于这种情况，需要及时就医，进行详细的检查，如妇科超声、性激素六项等，以明确病因。医生会根据具体情况制定相应的治疗方案。
此外，需要注意的是，对于有性生活的女性，应排除怀孕相关的问题，如先兆流产、宫外孕等。如果出血持续时间较长、出血量较多或伴有其他不适症状，如腹痛、发热等，应立即就医。
同时，保持良好的生活习惯，如规律作息、均衡饮食、避免过度劳累和紧张等，有助于维持月经的正常规律。如果长期出现月经不规律的情况，也应及时就医，以便早期发现和治疗潜在的健康问题。